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| author | Liubov Chuprikova <chuprikovalv@gmail.com> | 2018-04-13 18:37:49 +0000 |
|---|---|---|
| committer | Liubov Chuprikova <chuprikovalv@gmail.com> | 2018-04-13 18:37:49 +0000 |
| commit | fac5500e8e9b2339d2c9d2a5f534022ba8a0ebe2 (patch) | |
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| parent | c44833bce4eba98d49c35fb6f2df58873ce76af9 (diff) | |
Autopkgtest: check if NCBI is available to start testing
| -rw-r--r-- | debian/tests/control | 2 | ||||
| -rw-r--r-- | debian/tests/run-unit-test | 31 |
2 files changed, 17 insertions, 16 deletions
diff --git a/debian/tests/control b/debian/tests/control index d2aa55ae..2d33ca5e 100644 --- a/debian/tests/control +++ b/debian/tests/control @@ -1,3 +1,3 @@ Tests: run-unit-test -Depends: @ +Depends: netcat, @ Restrictions: allow-stderr diff --git a/debian/tests/run-unit-test b/debian/tests/run-unit-test index f78cfa30..fb4ac173 100644 --- a/debian/tests/run-unit-test +++ b/debian/tests/run-unit-test @@ -113,21 +113,22 @@ end_out="$(grep -c "<Object-id_id>${last_id}</Object-id_id>" dsRNA_viruses.xgs)" [ $end_in -eq $end_out ] -## _insdseqget_ and _idfetch_ testing requires internet connection. -## Uncomment the lines below to run the tests provided. -#grep 'GI:' nc0225.gbk | head | sed 's/.*GI://' > GIs.txt -################################################################### -#echo '---insdseqget test---' -################################################################### -#/usr/bin/insdseqget -i GIs.txt > insdset.xml -#[ -s insdset.xml ] -#check_GI insdset.xml GIs.txt -################################################################### -#echo '---idfetch test---' -################################################################### -#/usr/bin/idfetch -G GIs.txt -o idfetch.text -#[ -s idfetch.text ] -#check_GI idfetch.text GIs.txt +if nc -z -w 1 www.ncbi.nlm.nih.gov 80; then + grep 'GI:' nc0225.gbk | head | sed 's/.*GI://' > GIs.txt + + ################################################################## + echo '---insdseqget test---' + ################################################################## + /usr/bin/insdseqget -i GIs.txt > insdset.xml + [ -s insdset.xml ] + check_GI insdset.xml GIs.txt + ################################################################## + echo '---idfetch test---' + ################################################################## + /usr/bin/idfetch -G GIs.txt -o idfetch.text + [ -s idfetch.text ] + check_GI idfetch.text GIs.txt +fi ################################################################## |