Propagate hardening options in the build

Last-Update: 2021-04-22


Gbp-Pq: Name hardening.patch

1 files changed, 54 insertions, 54 deletions

diff --git a/src/Makefile.in b/src/Makefile.in
index 1fe0f83..0cc6088 100644
--- a/src/Makefile.in
+++ b/src/Makefile.in
@@ -352,10 +352,10 @@ RATE_DEPS += \
 #./state_reconstructor_simple.d \
 
 main_%.o: ./main_%.cpp
-	$(CXX) $(OPT_FLAGS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) -c -fmessage-length=0 -MMD -MP -MF "$(@:%.o=%.d)" -o "$@" "$<"
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(OPT_FLAGS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) -c -fmessage-length=0 -MMD -MP -MF "$(@:%.o=%.d)" -o "$@" "$<"
 
 %.o: ./%.cpp ./%.h
-	$(CXX) $(OPT_FLAGS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) -c -fmessage-length=0 -MMD -MP -MF "$(@:%.o=%.d)" -o "$@" "$<"
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(OPT_FLAGS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) -c -fmessage-length=0 -MMD -MP -MF "$(@:%.o=%.d)" -o "$@" "$<"
 
 PROGS := pxaa2cdn pxbdsim pxboot pxbp pxcat pxclsq pxcltr pxcolt pxcomp pxconsq pxfqfilt pxlog pxlssq pxlstr pxmono pxmrca pxmrcacut pxmrcaname pxnw pxpoly pxrecode pxrevcomp pxrls pxrlt pxrmk pxrms pxrmt pxrr pxs2fa pxs2nex pxs2phy pxseqgen pxssort pxsstat pxsw pxt2new pxt2nex pxtcol pxtcomb pxtgen pxtlate pxtrt pxtscale pxvcf2fa $(NLOPT_PROGRAMS)
 
@@ -366,102 +366,102 @@ all: $(PROGS)
 
 pxlssq: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LS_SQ_OBJ)
 	@echo 'bulding pxlssq'
-	$(CXX) -o "pxlssq" $(OPT_FLAGS) $(LS_SQ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxlssq" $(OPT_FLAGS) $(LS_SQ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxconsq: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(CONSEQ_OBJ)
 	@echo 'building pxconsq'
-	$(CXX) -o "pxconsq" $(OPT_FLAGS) $(CONSEQ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxconsq" $(OPT_FLAGS) $(CONSEQ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxclsq: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(CLSQ_OBJ)
 	@echo 'building pxclsq'
-	$(CXX) -o "pxclsq" $(OPT_FLAGS) $(CLSQ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxclsq" $(OPT_FLAGS) $(CLSQ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxrms: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(RMS_OBJ)
 	@echo 'building pxrms'
-	$(CXX) -o "pxrms" $(OPT_FLAGS) $(RMS_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxrms" $(OPT_FLAGS) $(RMS_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxaa2cdn: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(AA2C_OBJ)
 	@echo 'building pxaa2cdn'
-	$(CXX) -o "pxaa2cdn" $(OPT_FLAGS) $(AA2C_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxaa2cdn" $(OPT_FLAGS) $(AA2C_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxs2fa: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(2FA_OBJ)
 	@echo 'building pxs2fa'
-	$(CXX) -o "pxs2fa" $(OPT_FLAGS) $(2FA_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxs2fa" $(OPT_FLAGS) $(2FA_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxs2phy: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(2PHY_OBJ)
 	@echo 'building pxs2phy'
-	$(CXX) -o "pxs2phy" $(OPT_FLAGS) $(2PHY_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxs2phy" $(OPT_FLAGS) $(2PHY_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxs2nex: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(2NEX_OBJ)
 	@echo 'building pxs2nex'
-	$(CXX) -o "pxs2nex" $(OPT_FLAGS) $(2NEX_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxs2nex" $(OPT_FLAGS) $(2NEX_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxfqfilt: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(FQFILT_OBJ)
 	@echo 'building pxfqfilt'
-	$(CXX) -o "pxfqfilt" $(OPT_FLAGS) $(FQFILT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxfqfilt" $(OPT_FLAGS) $(FQFILT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxrevcomp: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(REVCOMP_OBJ)
 	@echo 'building pxrevcomp'
-	$(CXX) -o "pxrevcomp" $(OPT_FLAGS) $(REVCOMP_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxrevcomp" $(OPT_FLAGS) $(REVCOMP_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxnw: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(NW_OBJ)
 	@echo 'building pxnw'
-	$(CXX) -o "pxnw" $(OPT_FLAGS) $(NW_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxnw" $(OPT_FLAGS) $(NW_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxsw: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(SW_OBJ)
 	@echo 'building pxsw'
-	$(CXX) -o "pxsw" $(OPT_FLAGS) $(SW_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxsw" $(OPT_FLAGS) $(SW_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxboot: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(SEQSAMP_OBJ)
 	@echo 'building pxboot'
-	$(CXX) -o "pxboot" $(OPT_FLAGS) $(SEQSAMP_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxboot" $(OPT_FLAGS) $(SEQSAMP_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxtlate: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TLATE_OBJ)
 	@echo 'building pxtlate'
-	$(CXX) -o "pxtlate" $(OPT_FLAGS) $(TLATE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxtlate" $(OPT_FLAGS) $(TLATE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxcat: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(CONCAT_OBJ)
 	@echo 'building pxcat'
-	$(CXX) -o "pxcat" $(OPT_FLAGS) $(CONCAT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxcat" $(OPT_FLAGS) $(CONCAT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxsstat: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(SSTAT_OBJ)
 	@echo 'building pxsstat'
-	$(CXX) -o "pxsstat" $(OPT_FLAGS) $(SSTAT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxsstat" $(OPT_FLAGS) $(SSTAT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxrecode: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(SEQRECODE_OBJ)
 	@echo 'building pxrecode'
-	$(CXX) -o "pxrecode" $(OPT_FLAGS) $(SEQRECODE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxrecode" $(OPT_FLAGS) $(SEQRECODE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxssort: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(SSORT_OBJ)
 	@echo 'building pxssort'
-	$(CXX) -o "pxssort" $(OPT_FLAGS) $(SSORT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxssort" $(OPT_FLAGS) $(SSORT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxcomp: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(COMPTEST_OBJ)
 	@echo 'building pxcomp'
-	$(CXX) -o "pxcomp" $(OPT_FLAGS) $(COMPTEST_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxcomp" $(OPT_FLAGS) $(COMPTEST_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxvcf2fa: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(VCF2FA_OBJ)
 	@echo 'building pxvcf2fa'
-	$(CXX) -o "pxvcf2fa" $(OPT_FLAGS) $(VCF2FA_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxvcf2fa" $(OPT_FLAGS) $(VCF2FA_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 
@@ -469,117 +469,117 @@ pxvcf2fa: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(VCF2FA_OBJ)
 
 pxbdsim: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(BD_SIM_OBJ)
 	@echo 'building pxbdsim'
-	$(CXX) -o "pxbdsim" $(OPT_FLAGS) $(BD_SIM_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxbdsim" $(OPT_FLAGS) $(BD_SIM_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxbdfit: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(BD_FIT_OBJ)
 	@echo 'building pxbdfit'
-	$(CXX) -o "pxbdfit" $(OPT_FLAGS) $(BD_FIT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o "pxbdfit" $(OPT_FLAGS) $(BD_FIT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxnni: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(NNI_OBJ)
 	@echo 'building pxnni'
-	$(CXX) -o "pxnni" $(OPT_FLAGS) $(NNI_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o "pxnni" $(OPT_FLAGS) $(NNI_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxlstr: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LS_TR_OBJ)
 	@echo 'building pxlstr'
-	$(CXX) -o "pxlstr" $(OPT_FLAGS) $(LS_TR_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxlstr" $(OPT_FLAGS) $(LS_TR_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxmrca: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(MRCA_OBJ)
 	@echo 'building pxmrca'
-	$(CXX) -o "pxmrca" $(OPT_FLAGS) $(MRCA_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxmrca" $(OPT_FLAGS) $(MRCA_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxmrcacut: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(MRCACUT_OBJ)
 	@echo 'building pxmrcacut'
-	$(CXX) -o "pxmrcacut" $(OPT_FLAGS) $(MRCACUT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxmrcacut" $(OPT_FLAGS) $(MRCACUT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxmrcaname: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(MRCANAME_OBJ)
 	@echo 'building pxmrcaname'
-	$(CXX) -o "pxmrcaname" $(OPT_FLAGS) $(MRCANAME_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxmrcaname" $(OPT_FLAGS) $(MRCANAME_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxcltr: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(CLTR_OBJ)
 	@echo 'building pxcltr'
-	$(CXX) -o "pxcltr" $(OPT_FLAGS) $(CLTR_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxcltr" $(OPT_FLAGS) $(CLTR_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxt2new: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(T2NEW_OBJ)
 	@echo 'building pxt2new'
-	$(CXX) -o "pxt2new" $(OPT_FLAGS) $(T2NEW_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxt2new" $(OPT_FLAGS) $(T2NEW_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxt2nex: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(T2NEX_OBJ)
 	@echo 'building pxt2nex'
-	$(CXX) -o "pxt2nex" $(OPT_FLAGS) $(T2NEX_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxt2nex" $(OPT_FLAGS) $(T2NEX_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxrr: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RR_OBJ)
 	@echo 'building pxrr'
-	$(CXX) -o "pxrr" $(OPT_FLAGS) $(RR_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxrr" $(OPT_FLAGS) $(RR_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxmono: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(MONO_OBJ)
 	@echo 'building pxmono'
-	$(CXX) -o "pxmono" $(OPT_FLAGS) $(MONO_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxmono" $(OPT_FLAGS) $(MONO_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxrmt: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RMT_OBJ)
 	@echo 'building pxrmt'
-	$(CXX) -o "pxrmt" $(OPT_FLAGS) $(RMT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxrmt" $(OPT_FLAGS) $(RMT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxtrt: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(TRT_OBJ)
 	@echo 'building pxtrt'
-	$(CXX) -o "pxtrt" $(OPT_FLAGS) $(TRT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxtrt" $(OPT_FLAGS) $(TRT_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxrmk: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RMK_OBJ)
 	@echo 'building pxrmk'
-	$(CXX) -o "pxrmk" $(OPT_FLAGS) $(RMK_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxrmk" $(OPT_FLAGS) $(RMK_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxlog: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LOGMANIP_OBJ)
 	@echo 'building pxlog'
-	$(CXX) -o "pxlog" $(OPT_FLAGS) $(LOGMANIP_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxlog" $(OPT_FLAGS) $(LOGMANIP_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxtscale: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RESCALE_TREE_OBJ)
 	@echo 'building pxtscale'
-	$(CXX) -o "pxtscale" $(OPT_FLAGS) $(RESCALE_TREE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxtscale" $(OPT_FLAGS) $(RESCALE_TREE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 	
 pxtcol: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(TCOL_OBJ)
 	@echo 'building pxtcol'
-	$(CXX) -o "pxtcol" $(OPT_FLAGS) $(TCOL_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxtcol" $(OPT_FLAGS) $(TCOL_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxtcomb: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(TCOMB_OBJ)
 	@echo 'building pxtcomb'
-	$(CXX) -o "pxtcomb" $(OPT_FLAGS) $(TCOMB_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxtcomb" $(OPT_FLAGS) $(TCOMB_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxtgen: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(TGEN_OBJ)
 	@echo 'building pxtgen'
-	$(CXX) -o "pxtgen" $(OPT_FLAGS) $(TGEN_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxtgen" $(OPT_FLAGS) $(TGEN_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxpoly: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(POLY_OBJ)
 	@echo 'building pxpoly'
-	$(CXX) -o "pxpoly" $(OPT_FLAGS) $(POLY_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxpoly" $(OPT_FLAGS) $(POLY_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxcolt: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(COLLAPSE_TREE_OBJ)
 	@echo 'building pxcolt'
-	$(CXX) -o "pxcolt" $(OPT_FLAGS) $(COLLAPSE_TREE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxcolt" $(OPT_FLAGS) $(COLLAPSE_TREE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxbp: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(BP_OBJ)
 	@echo 'building pxbp'
-	$(CXX) -o "pxbp" $(OPT_FLAGS) $(BP_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxbp" $(OPT_FLAGS) $(BP_OBJ) $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 
@@ -587,22 +587,22 @@ pxbp: $(CPP_OBJS) $(TREE_OBJS) $(BP_OBJ)
 
 pxrls: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RELABEL_SEQ_OBJ)
 	@echo 'building pxrls'
-	$(CXX) -o "pxrls" $(OPT_FLAGS) $(RELABEL_SEQ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxrls" $(OPT_FLAGS) $(RELABEL_SEQ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxrlt: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RELABEL_TREE_OBJ)
 	@echo 'building pxrlt'
-	$(CXX) -o "pxrlt" $(OPT_FLAGS) $(RELABEL_TREE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxrlt" $(OPT_FLAGS) $(RELABEL_TREE_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxupgma: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(UPGMA_OBJ)
 	@echo 'building pxupgma'
-	$(CXX) -o "pxupgma" $(OPT_FLAGS) $(UPGMA_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxupgma" $(OPT_FLAGS) $(UPGMA_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxnj: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(NJ_OBJ)
 	@echo 'building pxnj'
-	$(CXX) -o "pxnj" $(OPT_FLAGS) $(NJ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxnj" $(OPT_FLAGS) $(NJ_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(LDFLAGS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 
@@ -610,17 +610,17 @@ pxnj: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(NJ_OBJ)
 
 pxseqgen: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RATE_OBJS) $(SEQGEN_OBJ) $(FORT_OBJS)
 	@echo 'building pxseqgen'
-	$(CXX) -o "pxseqgen" $(OPT_FLAGS) $(SEQGEN_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RATE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o "pxseqgen" $(OPT_FLAGS) $(SEQGEN_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RATE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxcontrates: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(CONTRATES_OBJ) $(RATE_OBJS)
 	@echo 'building pxcontrates'
-	$(CXX) -o "pxcontrates" $(OPT_FLAGS) $(CONTRATES_OBJ) $(RATE_OBJS) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o "pxcontrates" $(OPT_FLAGS) $(CONTRATES_OBJ) $(RATE_OBJS) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS)
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 pxstrec: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RATE_OBJS) $(STREC_OBJ) #$(FORT_OBJS)
 	@echo 'building pxstrec'
-	$(CXX) -o "pxstrec" $(OPT_FLAGS) $(STREC_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RATE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS) #$(FORT_OBJS) -lgfortran
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o "pxstrec" $(OPT_FLAGS) $(STREC_OBJ) $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RATE_OBJS) $(CPPFLAGS) $(LDFLAGS) $(CPP_LIBS) #$(FORT_OBJS) -lgfortran
 	cat man/$@.1.in > man/$@.1
 
 
@@ -628,11 +628,11 @@ pxstrec: $(CPP_OBJS) $(SEQ_OBJS) $(TREE_OBJS) $(RATE_OBJS) $(STREC_OBJ) #$(FORT_
 #removing until fortran update
 #pxsm0: $(CPP_OBJS) $(RATE_OBJS) $(SM0_OBJ) $(FORT_OBJS)
 #	@echo 'building pxsm0'
-#	$(CXX) -o "pxsm0" $(OPT_FLAGS) $(SM0_OBJ) $(CPP_OBJS) $(RATE_OBJS) $(FORT_OBJS) $(CPP_LIBS) -lgfortran
+#	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxsm0" $(OPT_FLAGS) $(SM0_OBJ) $(CPP_OBJS) $(RATE_OBJS) $(FORT_OBJS) $(CPP_LIBS) -lgfortran
 
 #pxsm2a: $(CPP_OBJS) $(RATE_OBJS) $(SM2A_OBJ) $(FORT_OBJS)
 #	@echo 'building pxsm2a'
-#	$(CXX) -o "pxsm2a" $(OPT_FLAGS) $(SM2A_OBJ) $(CPP_OBJS) $(RATE_OBJS) $(FORT_OBJS) $(CPP_LIBS) -lgfortran
+#	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -o "pxsm2a" $(OPT_FLAGS) $(SM2A_OBJ) $(CPP_OBJS) $(RATE_OBJS) $(FORT_OBJS) $(CPP_LIBS) -lgfortran