index
:
rsem
master
Debian dgit repo for package rsem
summary
refs
log
tree
commit
diff
log msg
author
committer
range
Mode
Name
Size
-rw-r--r--
.gitignore
881
log
plain
-rw-r--r--
AlignerRefSeqPolicy.h
383
log
plain
-rw-r--r--
BamConverter.h
8734
log
plain
-rw-r--r--
BamWriter.h
3781
log
plain
-rw-r--r--
Buffer.h
2089
log
plain
-rw-r--r--
COPYING
35147
log
plain
d---------
EBSeq
252
log
plain
-rw-r--r--
EM.cpp
19883
log
plain
-rw-r--r--
GTFItem.h
6059
log
plain
-rw-r--r--
Gibbs.cpp
13618
log
plain
-rw-r--r--
GroupInfo.h
1086
log
plain
-rw-r--r--
HitContainer.h
2617
log
plain
-rw-r--r--
HitWrapper.h
618
log
plain
-rw-r--r--
LenDist.h
6840
log
plain
-rw-r--r--
Makefile
8926
log
plain
-rw-r--r--
Model.h
75
log
plain
-rw-r--r--
ModelParams.h
737
log
plain
-rw-r--r--
NoiseProfile.h
3165
log
plain
-rw-r--r--
NoiseQProfile.h
4304
log
plain
-rw-r--r--
Orientation.h
753
log
plain
-rw-r--r--
PairedEndHit.h
682
log
plain
-rw-r--r--
PairedEndModel.h
12520
log
plain
-rw-r--r--
PairedEndQModel.h
13344
log
plain
-rw-r--r--
PairedEndRead.h
1831
log
plain
-rw-r--r--
PairedEndReadQ.h
1876
log
plain
-rw-r--r--
PolyARules.h
1312
log
plain
-rw-r--r--
Profile.h
5331
log
plain
-rw-r--r--
QProfile.h
5252
log
plain
-rw-r--r--
QualDist.h
3293
log
plain
-rw-r--r--
README.md
34682
log
plain
-rw-r--r--
RSPD.h
4358
log
plain
-rw-r--r--
Read.h
722
log
plain
-rw-r--r--
ReadIndex.h
1275
log
plain
-rw-r--r--
ReadReader.h
2811
log
plain
-rw-r--r--
RefSeq.h
3423
log
plain
-rw-r--r--
RefSeqPolicy.h
457
log
plain
-rw-r--r--
Refs.h
4176
log
plain
-rw-r--r--
SamHeader.cpp
3262
log
plain
-rw-r--r--
SamHeader.hpp
1955
log
plain
-rw-r--r--
SamParser.h
9798
log
plain
-rw-r--r--
SingleHit.h
1009
log
plain
-rw-r--r--
SingleModel.h
14706
log
plain
-rw-r--r--
SingleQModel.h
15454
log
plain
-rw-r--r--
SingleRead.h
2460
log
plain
-rw-r--r--
SingleReadQ.h
2675
log
plain
-rw-r--r--
Transcript.h
4434
log
plain
-rw-r--r--
Transcripts.h
4014
log
plain
-rw-r--r--
WHAT_IS_NEW
18408
log
plain
-rw-r--r--
WriteResults.h
21736
log
plain
-rw-r--r--
bam2readdepth.cpp
511
log
plain
-rw-r--r--
bam2wig.cpp
1188
log
plain
-rw-r--r--
bc_aux.h
2798
log
plain
-rw-r--r--
buildReadIndex.cpp
1788
log
plain
-rw-r--r--
calcCI.cpp
15625
log
plain
-rw-r--r--
cnt_file_description.txt
1398
log
plain
-rwxr-xr-x
convert-sam-for-rsem
2902
log
plain
d---------
debian
642
log
plain
-rwxr-xr-x
extract-transcript-to-gene-map-from-trinity
791
log
plain
-rw-r--r--
extractRef.cpp
10059
log
plain
-rw-r--r--
getUnique.cpp
1741
log
plain
-rw-r--r--
model_file_description.txt
4740
log
plain
-rw-r--r--
my_assert.h
3698
log
plain
d---------
pRSEM
759
log
plain
-rw-r--r--
parseIt.cpp
5564
log
plain
-rw-r--r--
preRef.cpp
2469
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-calculate-expression
77133
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-control-fdr
3316
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-gen-transcript-plots
5605
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-generate-data-matrix
1979
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-generate-ngvector
3474
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-gff3-to-gtf
9824
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-plot-model
5804
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-plot-transcript-wiggles
6721
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-prepare-reference
22537
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-refseq-extract-primary-assembly
495
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-run-ebseq
6673
log
plain
-rwxr-xr-x
rsem-run-prsem-testing-procedure
13401
log
plain
-rw-r--r--
rsem_perl_utils.pm
3748
log
plain
-rw-r--r--
samValidator.cpp
6256
log
plain
-rw-r--r--
sam_utils.h
5759
log
plain
-rw-r--r--
sampling.h
1713
log
plain
-rw-r--r--
scanForPairedEndReads.cpp
4784
log
plain
-rw-r--r--
simul.h
895
log
plain
-rw-r--r--
simulation.cpp
9075
log
plain
-rw-r--r--
synthesisRef.cpp
6385
log
plain
-rw-r--r--
tbam2gbam.cpp
884
log
plain
-rw-r--r--
utils.h
3993
log
plain
-rw-r--r--
wiggle.cpp
3950
log
plain
-rw-r--r--
wiggle.h
1010
log
plain