summaryrefslogtreecommitdiff
ModeNameSize
-rw-r--r--AUTHORS1100logplain
-rw-r--r--LICENSE35147logplain
-rw-r--r--MANUAL86851logplain
-rw-r--r--MANUAL.markdown101378logplain
-rw-r--r--Makefile8811logplain
-rw-r--r--NEWS10980logplain
-rw-r--r--TUTORIAL248logplain
-rw-r--r--VERSION5logplain
-rw-r--r--aligner_bt.cpp53928logplain
-rw-r--r--aligner_bt.h30930logplain
-rw-r--r--aligner_cache.cpp6525logplain
-rw-r--r--aligner_cache.h23863logplain
-rw-r--r--aligner_driver.cpp6189logplain
-rw-r--r--aligner_driver.h8261logplain
-rw-r--r--aligner_metrics.h11250logplain
-rw-r--r--aligner_report.h986logplain
-rw-r--r--aligner_result.cpp51864logplain
-rw-r--r--aligner_result.h50443logplain
-rw-r--r--aligner_seed.cpp55753logplain
-rw-r--r--aligner_seed.h44308logplain
-rw-r--r--aligner_seed2.cpp100262logplain
-rw-r--r--aligner_seed2.h57552logplain
-rw-r--r--aligner_seed_policy.cpp27880logplain
-rw-r--r--aligner_seed_policy.h7554logplain
-rw-r--r--aligner_sw.cpp103653logplain
-rw-r--r--aligner_sw.h25468logplain
-rw-r--r--aligner_sw_common.h8724logplain
-rw-r--r--aligner_sw_driver.cpp84074logplain
-rw-r--r--aligner_sw_driver.h20507logplain
-rw-r--r--aligner_sw_nuc.h7213logplain
-rw-r--r--aligner_swsse.cpp2668logplain
-rw-r--r--aligner_swsse.h15153logplain
-rw-r--r--aligner_swsse_ee_i16.cpp63340logplain
-rw-r--r--aligner_swsse_ee_u8.cpp62431logplain
-rw-r--r--aligner_swsse_loc_i16.cpp76262logplain
-rw-r--r--aligner_swsse_loc_u8.cpp75031logplain
-rw-r--r--aln_sink.cpp68911logplain
-rw-r--r--aln_sink.h45575logplain
-rw-r--r--alphabet.cpp19320logplain
-rw-r--r--alphabet.h5619logplain
-rw-r--r--assert_helpers.h9553logplain
-rw-r--r--banded.cpp823logplain
-rw-r--r--banded.h1268logplain
-rw-r--r--binary_sa_search.h3370logplain
-rw-r--r--bitpack.h1520logplain
-rw-r--r--blockwise_sa.h29752logplain
-rwxr-xr-xbowtie214023logplain
-rw-r--r--bowtie_build_main.cpp2084logplain
-rw-r--r--bowtie_main.cpp2030logplain
-rw-r--r--bt2_build.cpp20845logplain
-rw-r--r--bt2_idx.cpp8047logplain
-rw-r--r--bt2_idx.h89197logplain
-rw-r--r--bt2_inspect.cpp14874logplain
-rw-r--r--bt2_io.cpp30780logplain
-rw-r--r--bt2_search.cpp180311logplain
-rw-r--r--bt2_util.cpp6347logplain
-rw-r--r--ccnt_lut.cpp14329logplain
-rw-r--r--diff_sample.cpp4592logplain
-rw-r--r--diff_sample.h26467logplain
d---------doc155logplain
-rw-r--r--dp_framer.cpp37227logplain
-rw-r--r--dp_framer.h9315logplain
-rw-r--r--ds.cpp3207logplain
-rw-r--r--ds.h87405logplain
-rw-r--r--edit.cpp11827logplain
-rw-r--r--edit.h8230logplain
-rw-r--r--endian_swap.h2670logplain
d---------example100logplain
-rw-r--r--filebuf.h15762logplain
-rw-r--r--formats.h1144logplain
-rw-r--r--group_walk.cpp759logplain
-rw-r--r--group_walk.h36710logplain
-rw-r--r--ival_list.cpp5174logplain
-rw-r--r--ival_list.h6705logplain
-rw-r--r--limit.cpp1894logplain
-rw-r--r--limit.h1307logplain
-rw-r--r--ls.cpp3641logplain
-rw-r--r--ls.h11949logplain
-rw-r--r--mask.cpp1051logplain
-rw-r--r--mask.h2170logplain
-rw-r--r--mem_ids.h1271logplain
-rw-r--r--mm.h1457logplain
-rw-r--r--multikey_qsort.cpp856logplain
-rw-r--r--multikey_qsort.h35305logplain
-rw-r--r--opts.h6456logplain
-rw-r--r--outq.cpp5490logplain
-rw-r--r--outq.h3344logplain
-rw-r--r--pat.cpp37093logplain
-rw-r--r--pat.h40543logplain
-rw-r--r--pe.cpp31570logplain
-rw-r--r--pe.h9778logplain
-rw-r--r--presets.cpp2712logplain
-rw-r--r--presets.h1571logplain
-rw-r--r--qual.cpp4018logplain
-rw-r--r--qual.h6589logplain
-rw-r--r--random_source.cpp3280logplain
-rw-r--r--random_source.h5189logplain
-rw-r--r--random_util.cpp907logplain
-rw-r--r--random_util.h5952logplain
-rw-r--r--read.h14143logplain
-rw-r--r--read_qseq.cpp8426logplain
-rw-r--r--ref_coord.cpp1014logplain
-rw-r--r--ref_coord.h10113logplain
-rw-r--r--ref_read.cpp9175logplain
-rw-r--r--ref_read.h7943logplain
-rw-r--r--reference.cpp20563logplain
-rw-r--r--reference.h5632logplain
-rw-r--r--sam.cpp17304logplain
-rw-r--r--sam.h11972logplain
-rw-r--r--scoring.cpp9495logplain
-rw-r--r--scoring.h15476logplain
d---------scripts913logplain
-rw-r--r--search_globals.h1442logplain
-rw-r--r--sequence_io.h3727logplain
-rw-r--r--shmem.cpp1341logplain
-rw-r--r--shmem.h4874logplain
-rw-r--r--simple_func.cpp2353logplain
-rw-r--r--simple_func.h3475logplain
-rw-r--r--spinlock.h3964logplain
-rw-r--r--sse_util.cpp979logplain
-rw-r--r--sse_util.h14256logplain
-rw-r--r--sstring.cpp5475logplain
-rw-r--r--sstring.h76772logplain
-rw-r--r--str_util.h1149logplain
-rw-r--r--threading.h2994logplain
-rw-r--r--timer.h2444logplain
-rw-r--r--tokenize.h1757logplain
-rw-r--r--unique.cpp2389logplain
-rw-r--r--unique.h14168logplain
-rw-r--r--util.h1503logplain
-rw-r--r--word_io.h3650logplain
-rw-r--r--zbox.h2720logplain