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diff --git a/Makefile.am b/Makefile.am
index 2f33492..209f5cc 100644
--- a/Makefile.am
+++ b/Makefile.am
@@ -1,38 +1,34 @@
 
 ACLOCAL_AMFLAGS = -I m4
 
-lib_LTLIBRARIES = mmdb/libmmdb.la
+lib_LTLIBRARIES = mmdb2/libmmdb2.la
 
 pkginclude_HEADERS = \
-mmdb/bfgs_min.h       mmdb/mmdb_atom.h     mmdb/mmdb_ficif.h   \
-mmdb/mmdb_rwbrook.h   mmdb/mmdb_uddata.h   mmdb/file_.h        \
-mmdb/mmdb_bondmngr.h  mmdb/mmdb_file.h     mmdb/mmdb_sbase0.h  \
-mmdb/mmdb_utils.h     mmdb/linalg_.h       mmdb/mmdb_chain.h   \
-mmdb/mmdb_graph.h     mmdb/mmdb_sbase.h    mmdb/mmdb_xml.h     \
-mmdb/machine_.h       mmdb/mmdb_cifdefs.h  mmdb/mmdb_manager.h \
-mmdb/mmdb_selmngr.h   mmdb/random_n.h      mmdb/math_.h        \
-mmdb/mmdb_coormngr.h  mmdb/mmdb_mask.h     mmdb/mmdb_symop.h   \
-mmdb/stream_.h        mmdb/mattype_.h      mmdb/mmdb_cryst.h   \
-mmdb/mmdb_mmcif.h     mmdb/mmdb_tables.h   mmdb/mmdb_align.h   \
-mmdb/mmdb_defs.h      mmdb/mmdb_model.h    mmdb/mmdb_title.h   \
-mmdb/hybrid_36.h
-
-
-mmdb_libmmdb_la_SOURCES = \
-mmdb/bfgs_min.cpp     mmdb/mmdb_bondmngr.cpp mmdb/mmdb_manager.cpp    \
-mmdb/mmdb_symop.cpp   mmdb/file_.cpp         mmdb/mmdb_chain.cpp      \
-mmdb/mmdb_mask.cpp    mmdb/mmdb_tables.cpp   mmdb/linalg_.cpp         \
-mmdb/mmdb_cifdefs.cpp mmdb/mmdb_mmcif.cpp    mmdb/mmdb_title.cpp      \
-mmdb/machine_.cpp     mmdb/mmdb_coormngr.cpp mmdb/mmdb_model.cpp      \
-mmdb/mmdb_uddata.cpp  mmdb/math_.cpp         mmdb/mmdb_cryst.cpp      \
-mmdb/mmdb_rwbrook.cpp mmdb/mmdb_utils.cpp    mmdb/mattype_.cpp        \
-mmdb/mmdb_ficif.cpp   mmdb/mmdb_sbase0.cpp   mmdb/mmdb_xml.cpp        \
-mmdb/mmdb_align.cpp   mmdb/mmdb_file.cpp     mmdb/mmdb_sbase.cpp      \
-mmdb/random_n.cpp     mmdb/mmdb_atom.cpp     mmdb/mmdb_graph.cpp      \
-mmdb/mmdb_selmngr.cpp mmdb/stream_.cpp       mmdb/hybrid_36.cpp
-
-mmdb_libmmdb_la_LDFLAGS = -no-undefined
+mmdb2/hybrid_36.h		mmdb2/mmdb_io_file.h		mmdb2/mmdb_math_graph.h		mmdb2/mmdb_seqsuperpose.h \
+mmdb2/mmdb_atom.h		mmdb2/mmdb_io_stream.h		mmdb2/mmdb_math_linalg.h	mmdb2/mmdb_symop.h        \
+mmdb2/mmdb_bondmngr.h		mmdb2/mmdb_machine_.h		mmdb2/mmdb_math_rand.h		mmdb2/mmdb_tables.h       \
+mmdb2/mmdb_chain.h		mmdb2/mmdb_manager.h		mmdb2/mmdb_mattype.h		mmdb2/mmdb_title.h        \
+mmdb2/mmdb_cifdefs.h		mmdb2/mmdb_mask.h		mmdb2/mmdb_mmcif_.h		mmdb2/mmdb_uddata.h       \
+mmdb2/mmdb_coormngr.h		mmdb2/mmdb_math_.h		mmdb2/mmdb_model.h		mmdb2/mmdb_utils.h        \
+mmdb2/mmdb_cryst.h		mmdb2/mmdb_math_align.h		mmdb2/mmdb_root.h		mmdb2/mmdb_xml_.h         \
+mmdb2/mmdb_defs.h		mmdb2/mmdb_math_bfgsmin.h	mmdb2/mmdb_rwbrook.h		mmdb2/mmdb_ficif.h	  \
+mmdb2/mmdb_math_fft.h		mmdb2/mmdb_selmngr.h
+
+
+mmdb2_libmmdb2_la_SOURCES = \
+mmdb2/hybrid_36.cpp		mmdb2/mmdb_io_stream.cpp	mmdb2/mmdb_math_linalg.cpp	mmdb2/mmdb_symop.cpp      \
+mmdb2/mmdb_atom.cpp		mmdb2/mmdb_machine_.cpp		mmdb2/mmdb_math_rand.cpp	mmdb2/mmdb_tables.cpp     \
+mmdb2/mmdb_bondmngr.cpp		mmdb2/mmdb_manager.cpp		mmdb2/mmdb_mattype.cpp		mmdb2/mmdb_title.cpp      \
+mmdb2/mmdb_chain.cpp		mmdb2/mmdb_mask.cpp		mmdb2/mmdb_mmcif_.cpp		mmdb2/mmdb_uddata.cpp     \
+mmdb2/mmdb_cifdefs.cpp		mmdb2/mmdb_math_.cpp		mmdb2/mmdb_model.cpp		mmdb2/mmdb_utils.cpp      \
+mmdb2/mmdb_coormngr.cpp		mmdb2/mmdb_math_align.cpp	mmdb2/mmdb_root.cpp		mmdb2/mmdb_xml_.cpp       \
+mmdb2/mmdb_cryst.cpp		mmdb2/mmdb_math_bfgsmin.cpp	mmdb2/mmdb_rwbrook.cpp		mmdb2/mmdb_ficif.cpp	  \
+mmdb2/mmdb_math_fft.cpp		mmdb2/mmdb_selmngr.cpp		mmdb2/mmdb_io_file.cpp		mmdb2/mmdb_math_graph.cpp \
+mmdb2/mmdb_seqsuperpose.cpp
+
+mmdb2_libmmdb2_la_LDFLAGS = -no-undefined
 
 pkgconfigdir = $(libdir)/pkgconfig
-pkgconfig_DATA = mmdb.pc
+pkgconfig_DATA = mmdb2.pc
+